Es mejor la qPCR?

Quien haya leído las notas anteriores y esté viviendo alguna de las restricciones impuestas por nuestros gobiernos debido a la pandemia de sars-cov2 (el virus responsable de la enfermedad conocida como covid-19) podrá preguntarse si se puede controlar una enfermedad basándose exclusivamente en el diagnóstico. La respuesta es bastante clara, si se ponen en práctica todos los controles necesarios sería posible, de lo contrario NO.

Entonces nos preguntaremos si esto sería posible sin importar la técnica que se use. Pues bien, la respuesta es que sólo debería cambiar el tiempo que tardemos en erradicar la enfermedad.

En el diagnóstico de tricomonosis no consideraremos las técnicas inmunológicas por lo que solo nos remitiremos a las dos ya vistas, el cultivo y la qPCR. El cultivo tiene menos sensibilidad que la qPCR. Por esta razón se espera que algunos animales que tienen tricomonas escapen, es decir que den negativo aunque tengan tricomonas. La qPCR es más sensible y deberían escaparse menos animales positivos (si, algunos van a escapar, serán menos). En el plan de venéreas de La Pampa nos quedarían para el año siguiente algunos positivos que escaparon al diagnóstico mediante cultivo y menos (muchos menos si usted quiere) que se escaparon a la qPCR. El resultado esperado, no tener más positivos, llegará en menos años, más rápido, con un test muy sensible.

En el diagnóstico de covid-19 (aunque lo correcto sea decir de sars-cov2) la PCR ganó terreno muy rápidamente. Esto fue así porque es una técnica muy sensible que permite detectar muy poco material genético del virus en una persona y porque cualquier biólogo molecular (esos individuos que estudian el ADN) medianamente entrenado puede diseñar una en poco tiempo. Luego vinieron otras técnicas, que requirieron algo más de tiempo para ponerse en marcha. Algunas de esas técnicas son mejores que la qPCR, pero el mercado estaba tomado, o ya se ha comprado equipamiento muy costoso o … la verdad es que apenas entendemos una y ya nos dicen que hay una mejor.

Ahora bien, ¿sirve tener una técnica excesivamente sensible si los animales infectados permanecerán en el campo? ¿sirve tener la mejor herramienta diagnóstica disponible en el mundo si no se toman las muestras correctamente? ¿sirve tener una técnica y equipamiento sofisticado si el operario de esos instrumentos no conoce la diferencia entre un verdadero positivo y un falso positivo? … Usted conoce respuestas a algunas preguntas.

También sabe que la qPCR es sensible y es costosa, más aún en países como el nuestro. Lo que no sabe probablemente es que muy pocos laboratorios cuentan con el equipamiento necesario, y menos todavía cuentan con el personal entrenado y casi ninguno cuenta con la posibilidad de adquirir los reactivos necesarios para hacerla como se espera. Entre la qPCR que se hace en un laboratorio del primer mundo y una qPCR que se hace acá puede haber grandes diferencias. Si el productor debiera pagar el costo de un diagnóstico mediante qPCR en dólares es probable que lo pensara varias veces. ¿Es esto preocupante? Sí. Pero esto es así con cada técnica.

El cultivo también puede (y en otros países DEBE) hacerse con medios validados. Pero acá debe hacerse “casero” (más barato y como mejor podemos porque no hay ninguna empresa que haga un medio validado y reconocido). Esto no lleva necesariamente a tener métodos diagnósticos de porquería, sino a no poder controlar los resultados (… no es claro si es tan sensible … no es claro si es tan específico …). También a tener grandes diferencias entre los resultados de un laboratorio y otro.

En esa situación el productor escoge examinar sus animales mediante PCR porque es menos costoso que dos evaluaciones mediante cultivo (paga más por el análisis pero sólo debe llevar los animales a la manga una vez y debe pagar solo un viaje y un muestreo al veterinario). Y ahora verá el resultado … o no.

La Pampa lleva dos años diagnosticando casi todos sus toros mediante qPCR. Con una técnica más sensible esperamos que se perciban más animales positivos que escapaban al diagnóstico mediante cultivo. Este efecto ya sería visible pues en 2019 y 2020 se registraron algunos animales positivos más que los que se registraban en los años anteriores.

Pero dos años de diagnóstico mediante PCR también dejan ver que una gran proporción de los toros con resultado positivo son falsos positivos. La figura que se muestra abajo muestra de qué campos provienen los toros positivos. El color rojo oscruro representa aquellos campos que tuvieron un diagnóstico positivo en 2008 y hacia la derecha se muestra que una cantidad de esos campos volvieron a tener resultado positivo en los años siguientes.

Cada nuevo color mas claro representa el número de campos que tuvieron al menos un toro positivo por primera vez en el 2009, en el 2010 y así hasta el 2020 donde la cantidad de campos positivos nuevos están en color blanco (y los que dieron positivo en 2020 y habían sido positivos por primera vez en 2008 son rojo). Ahí se ve que una cantidad casi constante de campos que tuvieron resultados positivos en 2008 y volvieron a dar positivo al menos un año posterior, incluso 13 años después.

Si observa atentamente verá que el mismo efecto se repite para cada cohorte (el grupo de campos que tuvieron por primera vez un resultado positivo en un año determinado). La figura sugiere claramente que hay campos donde debe intervenirse (~10 % de los campos) y otros donde es necesario tomar un resultado positivo con sumo cuidado porque el resultado puede ser erróneo (~90% de los campos).

Ahora, la aparición de nuevos positivos cada año, campos que nunca dieron resultados positivos con anterioridad, sugiere: 1) no hay control del movimiento de los animales que dieron positivo, 2) que muchos laboratorios cometen errores de manera sistemática, o 3) que hay una fuente del patógeno fuera del toro. Todos estos puntos pueden abordarse y tener éxito en la erradicación de la enfermedad. Pero el éxito no depende de la sensibilidad de la técnica sino del compromiso por hacerlo bien ….

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out /  Change )

Google photo

You are commenting using your Google account. Log Out /  Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out /  Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out /  Change )

Connecting to %s

Create your website with WordPress.com
Get started
%d bloggers like this: